Descripción del protocolo (UUCP)

Dado que UUCP se usa sobre diferentes tipos de conexiones, como líneas serie, TCP, o incluso X.25, es preciso usar protocolos de bajo nivel específicos. Además, varias implementaciones de UUCP han introducido diferentes protocolos para hacer lo mismo.
Los protocolos se pueden dividir en dos categorías: de corriente o flujo streaming y por paquetes. La primera clase de protocolos transfiere un fichero entero, posiblemente calculando una suma de comprobación. Esto apenas supone un gasto extra de tiempo, pero precisa una conexión fiable, porque cualquier error causaría que todo el fichero tenga que volver a ser enviado. Estos protocolos se suelen usar sobre conexiones de TCP, pero no sobre líneas telefónicas. Aunque los modems modernos hacen un buen trabajo corrigiendo errores, no son perfectos, y tampoco lo es la detección de errores entre el ordenador y el módem.
Por otra parte, los protocolos por paquetes parten el fichero en varias partes de igual tamaño. Cada paquete se envía y recibe por separado, se realiza una suma de comprobación, y se devuelve al origen un paquete de confirmación. Para que sea más eficiente, se inventaron protocolos de ventanas deslizantes, que permiten un número limitado (una ventana) de paquetes sin esperar confirmación en un momento dado. Esto reduce considerablemente la cantidad de tiempo que uucico tiene que esperar durante una transmisión. Aún así, todos los cálculos extra necesarios en comparación a un protocolo de flujo hace que los protocolos de paquetes sean ineficientes sobre TCP pero ideales para las líneas telefónicas.
El caudal del flujo de datos también supone una diferencia. A veces enviar caracteres de 8 bits sobre una conexión serie puedes resultar imposible; por ejemplo, si la conexión atraviesa un estúpido servidor de terminales que se deshace del octavo bit. Cuando transmite caracteres de 8 bits sobre una conexión de 7 bits tienen que codificarse. En el peor caso posible, la codificación duplica la cantidad de datos a transmitir aunque la compresión por hardware pueda compensarlo. Las líneas por las que se pueden transmitir caracteres de 8 bits arbitrarios suelen llamarse preparadas para 8 bits. Éste es el caso de todas las conexiones por TCP, así como de la mayoría de las conexiones por módem.